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分かった。
各背景レイヤ毎のVRAMオフセットを考えてなかっただけだった。
それと、初期化のタイミングを勘違いしていて、それで勝手にVRAMがおかしくなったと思っていただけだった。

問題は、どうやってオフセットを取ってくればいいのかが分からない事だ。
……もしかして、BGn_X0等のレジスタに、自分で好きな値を入れて、完全に好きな位置から勝手に始めて良いのか？
いや、一応、もう少し調べよう。